ปัญหาของระบบการจ่ายแบบจูงใจที่อาจจะเกิดขึ้น

ระบบการจ่ายตอบแทนแบบจูงใจ มักจะมีปัญหาเช่นกัน คือ

1.  มักจะมีการโต้แย้งและก่อให้เกิดปัญหาทางด้านแรงงาน โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกรณีซึ่งมีการใช้ระบบการจ่ายแบบจูงใจ ซึ่งพนักงานมักจะโต้แย้งในมาตรฐานที่ใช้วัด วิธีการวัดและบันทึกของผลงานต่าง ๆ ตลอดจนนโยบายและวิธีปฏิบัติที่เกี่ยวข้องกับประสิทธิภาพ รวมทั้งแบบของการจ่ายจูงใจ

2.  ปัญหาอีกประการหนึ่งที่เกิดขึ้นก็คือ แผนการจ่ายแบบจูงใจ จะทำให้ฝ่ายจัดการต้องอยู่ในฐานะที่ต้องถูกผูกมัดและต้องธำรงสถานภาพของการให้บริการต่าง ๆ ที่จะต้องจัดทำขึ้นอยู่ตลอดเวลา เพื่อช่วยให้พนักงานสามารถมีโอกาสได้รับผลตอบแทนแบบจูงใจต่อเนื่องโดยไม่สะดุดหยุดลง หรือติดขัด ถ้าหากได้เกิดมีปัญหาบกพร่องหรือเกิดความไม่พร้อมเกี่ยวกับการจัดสิ่งอำนวยความสะดวกเหล่านั้น แม้ฝ่ายจัดการจะมีเหตุผลอ้างได้ว่ามิใช่ความผิดของตนก็ตาม พนักงานก็ยังคงจะใช้จุดดังกล่าว เป็นจุดกล่าวโทษและโต้แย้ง หรือร้องเรียนว่าทำให้เขาต้องสูญเสียผลประโยชน์ และถ้าหากมิได้มีการแก้ไขในทันที การปล่อยคั่งค้างไว้ก็กลับมีผลกระทบในทางกลับกันที่จะทำให้ทั้งประสิทธิภาพและขวัญของพนักงานตกตํ่าลงมาก

3.  ระบบการจ่ายตอบแทนแบบจูงใจมักจะเป็นปัญหาที่ทำให้ต้องมีต้นทุนเพิ่มขึ้น ทั้งในแง่ที่ต้องติดตามให้มีความถูกต้องเกี่ยวกับประวัติ การบันทึกซึ่งเป็นสิ่งสำคัญยิ่งสำหรับการบริหารแผนงานดังกล่าว นอกจากนี้ยังทำให้ฝ่ายจัดการต้องให้ความสำคัญต่อการสื่อความมากขึ้นกว่าเดิมด้วย ทั้งนี้ เพราะคุณค่าจะมีการจูงใจได้ดีเพียงใดนั้น ย่อมขึ้นอยู่กับความสามารถของพนักงานที่จะสามารถสัมพันธ์ถึงการทุ่มเทของตนเองกับระบบการจ่ายตอบแทนที่ตนจะได้รับ ถ้าหากได้มีการนำเอาระบบการจ่ายตอบแทนแบบจูงใจที่มีความยุ่งยากสลับซับซ้อนมาใช้แล้ว การต้องให้การศึกษาและต้องให้พนักงาน ได้ติดตามเข้าใจเรื่องต่าง ๆ ตลอดจนวิธีดำเนินการจะเป็นเรื่องที่มีความสำคัญอย่างยิ่งยวด ซึ่งในเรื่องนี้ที่ปรึกษาฝ่ายจัดการคนหนึ่ง ได้เคยสรุปปัญหาทำนองนี้ไว้ว่า ผู้บริหารระดับสูง ๆ นั้น มักจะเน้นถึงความสำคัญหรือต้องการที่จะจัดระบบหรือแผนการจ่ายที่ตัวเองสามารถเข้าใจได้มากกว่าที่จะพิจารณาว่าแผนการจ่ายดังกล่าวนั้น พนักงานได้เข้าใจเพียงใด